Jeruzalė – Vilniaus mikrorajonas, labai nutolęs nuo miesto centro. Kadaise tai buvo niekuo nesiskiriantis nuo kitų išsibarsčiusių apie Vilnių bažnytkaimių, sutraukdavęs tūkstančius žmonių į garsiąsias Vilniaus Kalvarijas. Žmones traukė nepaprasto grožio pušynėliai, kalvos, Cedrono upelis, Neries vingiai, Žalieji ežerai, ir jie kėlėsi čia gyventi, statėsi namus, kūrėsi.

Jeruzalė augo, plėtėsi. Vaikus reikėjo mokyti, trūko mokyklos. Tų laikų archyvuose nerasta medžiagos apie mokyklą. Manoma, kad apie 1923 m. Jeruzalėje buvo įkurta pradinė mokykla. Bažnyčios dokumentuose pažymėta, kad 1937 m. rugsėjo 1 d. pašventintas mūrinis mokyklos pastatas. Šie metai ir laikomi mokyklos įkūrimo metais. Mokyklai suteiktas lenkų vaikų poeto Stanislovo Jachovičiaus vardas.

Pirmasis mokyklos direktorius buvo L. Liminovičius, kuris prasidėjus II-jam pasauliniam karui išvyko iš Lietuvos ir daugiau čia nesugrįžo. 1940 m. mokyklai vadovavodirektorės A. Steponienė ir L. Radziukynaitė, 1946–1949 m. Ivanas Zbojevas. Nuo 1951 m. vaikai mokomi lietuvių, lenkų ir rusų kalbomis. Iki 1953 metų mokykla buvo septynmetė, 1953—1984 m. aštuonmetė. 1977 m. pastatytas mokyklos priestatas. 1984 m. mokykla tapo vidurine, mokyklos pavadinimas – „Vilniaus 14-oji vidurinė mokykla“. Vilniaus m. tarybos 1999 m. spalio 13 d. sprendimu Nr. 445 „Dėl pavadinimų suteikimo mokykloms ir vaikų lopšeliams – darželiams“ mokyklai suteiktas „Vilniaus Jeruzalės vidurinės“ mokyklos pavadinimas.

1953 m. mokykloje mokėsi 349, 1956 m. 437, 1985 m. 769, 2008 m. 1165 mokiniai. 2011—2012 m.m. mokyklos 1-12 klasėse mokėsi 895 mokiniai, mokykloje dirbo 100 pedagogų.

Mokyklos direktoriai: 1962—1987 m. Vladimiras Šostakas, Antanas Mereškevičius, Vytautas Tumelis, 1987—2005 m. Algimantas Janušonis, nuo 2006 m. rugsėjo Linas Vasarevičius.

2008 m. mokykloje sumontuotas keltuvas, prie mokyklos įrengta universali 20x40 m dirbtinės dangos sporto aikštelė. 2009—2011m. mokykla renovuota įgyvendinant Europos Sąjungos, Lietuvos Respublikos Vyriausybės, Vilniaus miesto savivaldybės ir mokyklos projektą „Energijos vartojimo efektyvumo didinimas Vilniaus Jeruzalės vidurinėje mokykloje“ (pakeisti langai, apšiltintos sienos, pamatai, suremontuotas stogas, rekonstruota sporto salė, suremontuoti sanitariniai mazgai, atliktas dalinis vidaus remontas).

2012 m. vasario 8 d. Vilniaus miesto savivaldybės taryba sprendimu Nr.1-446 patvirtino „Vilniaus miesto savivaldybės bendrojo ugdymo mokyklų 2012-2015 metų steigimo, reorganizavimo, pertvarkymo ir struktūrinių pertvarkymų planą“, kuriame numatyta iki 2015 m. rugsėjo 1 d. mokyklą pertvarkyti į pagrindinę (1-10 klasės). Įgyvendinant šį planą nuo 2012-09-01 mokykloje nekomplektuojamos 11-os klasės.

2013 m. liepą išleidžiama paskutinė, XXIV-oji, abiturientų laida.
Vilniaus m. savivaldybės tarybos 2013 m. birželio 5 d. sprendimu Nr. 1-1274 „Dėl Vilniaus miesto savivaldybės bendrojo ugdymo mokyklų struktūros pertvarkos“, nuo2013 m. rugsėjo 1 d. Vilniaus Jeruzalės vidurinė mokykla pertvarkyta į Vilniaus Jeruzalės mokyklą. Mokyklos tipas – bendrojo ugdymo pagrindinė mokykla.2013-09-01 mokyklos 1-10 klasėse mokosi 673 mokiniai (611-lietuvių, 62-lenkų klasėse), kuriuos ugdo 70 savo darbą mylinčių pedagogų.

2015-2016 m.m. 1-8 klasėse mokosi 596 mokiniai (visi lietuvių klasėse). Dirba 58 pedagogai.

Įgyvendinant Vilniaus miesto savivaldybės tarybos 2016 m. gegužės 11 d. sprendimą Nr.1-457 „Dėl Vilniaus Jeruzalės mokyklos (struktūros) pertvarkos“, Vilniaus Jeruzalės mokykla nuo 2016 m. birželio 20 d.  pertvarkyta į Vilniaus Jeruzalės progimnaziją.

2016-2017 m.m. progimnazijoje mokosi 649 mokiniai. Sukomplektuoti 28 klasių komplektai. Dirba  62 pedagogai.